相传江户时期，德川家康的上级忍者中有位神秘人物，名唤吉丸...

吉丸本人之事记载甚少，因不满德川家暗地行事不合道义，他抗命不从并留书怒斥，如此这般让主顾和忍村蒙羞。于是将军震怒，驱使麾下兵将并催促忍村追杀叛徒。然而忍者多艺，若身负契约常有暗杀潜行任务者，更是善各类兵刃。而比起同门兄弟，吉丸还多了一项秘术：江户时刚刚流行起的拳（剑）玉，名流只当玩物，吉丸却能熟用之如同兵器，各路追兵哪知玩物也能致人死地，还未来得及吃惊便没了性命。

最终出马的是吉丸的同门师兄万藏，不但身手了得，同时也是吉丸的玩伴，对剑玉也十分擅长。正当万藏欲了解吉丸之时，突然雷霆大作，群星尽散，血红剑痕横贯长空，有骇人巨鸟狂啸，万藏呆立原地，还未等他施展遁术，巨鸟连带垂死的吉丸早已不见踪影。

万藏举目四望唯见雨止林息，恍惚间只记得怪鸟巨翼上覆满鬼符，唯有一大「吉」字看得真切...万藏从此疑神疑鬼，而忍村长老认定此为吉丸不忠怨灵催命，德川一家也不便过问，追杀也就草草收场。

且说吉丸再次醒来，虽不知白墙上「手术室」是何意，但十分清楚自己所在之地非同一般，因为他不但左眼能再次视物，全身重伤尽愈，本来失去的左臂也能操控自如，只不过看起来不似人间之物...