机械师学徒巴鲁意外结识了从天而降的女孩希达，她身世神秘，更手握能够开启天空之城拉普达的飞行石。在军方与海盗双重势力的追击下，巴鲁和希达终于找到传说中的天空之城，也揭开了这个曾拥有先进科技与巨大财富的古老帝国陷入衰败的秘密...